Selasetrið er í margvíslegu samstarfi við vísindastofnanir , háskóla , fyrirtæki og einstaklinga, bæði innanlands og erlendis.
Aðalsamstarfsaðilar í dag eru:
- Hafrannsóknastofnun
- Háskólinn að Hólum
- Náttúrustofa Norðurlands vestra
- Sjávarlíftæknisetrið á Skagaströnd BioPol
Selasetrið er m.a. í samstarfi við Húnaklúbbinn, Háskóla Íslands, Hvalasafnið á Húsavík, Stokkhólmsháskóla, University of Groningen, Háskólasetur Vestfjarða; Haf- og strandsvæðastjórnun, Wageningen háskóli og University of Liège.
Vorið 2022 hóf Selasetrið samstarf við erlenda samstarfsaðila í KA2 Erasmus+ verkefni. Verkefnið er um “Sustainable travelers – a guide to environmental, touristic sustainability”
